有机肥中不仅含有白水有机苹果生长发育需要的各种必须营养元素，虽然含量与化学肥料相比偏低，但品种全，不仅含有果树生长需要的大量营养元素氮、磷、钾、钙、镁、硫等，还含有果树营养生长所需要微量元素如锌、铁、B、锰等。对于协调各种养分元素的供应方面有十分重要的作用。同时，有机肥在养分供应方面较为迟缓，一般不易出现肥害现象且供应时间长而均衡生长中不易出现脱肥现象。

有机肥可显著改善土壤的物理性质。试验表明：将有机肥与土壤混合后。有机肥中的有机质与土壤中的固体颗粒相互交接，可生成具有较好作用的土壤结构。团粒结构的形成可使土粒间的黏结力下降2~6倍，黏着力下降60%，不仅使果园的农事操作较为省力，而且可大幅度地降低根系的生长阻力，有助于根系的延伸及对养分的吸收利用。

有机肥可提高土壤对养分的缓冲能力，降低肥害，提高肥效。有机肥中的有机物质在分解过程中可产生大量的有机酸和腐殖酸类物质。这些酸性物质不仅能促进土壤中所含的磷、铁、锌等植物必需营养元素的释放，而且还可与施入的尿素、碳酸氢铵等结合、将其吸附于这些酸性物质的表面降低了土壤溶液中的铵离子的浓度。

可防止大量施用铵态氮肥较易发生的根系铵中毒；同时减少了氮肥的挥发和淋溶损失。吸附固定的氮肥又可在苹果树的生长过程中不断地释放，均衡地供给果树吸收利用；不但提高了肥效，同时还协调了土壤的养分供应。

有机肥中含有的深色物质能提高土壤对太阳能的吸收，有利于提高早春的地温。白水有机苹果树的根系能耐一定的低温，一般土壤温度在5℃左右开始活动吸收养分，但其吸收养分的速率和能力随地温的升高而逐渐增加，至地温达30℃左右时有一Z高值，而后开始逐渐下降。